La actividad cultural y científica del Instituto Alavés de la Naturaleza debe remontarse a 1973, cuando fue constituida la Sección de Ciencias Naturales del Consejo de Cultura de Álava, por iniciativa de un grupo de entusiastas vinculados a la Sociedad Excursionista Manuel Iradier. Desde sus inicios, los miembros de la Sección dedicaron grandes esfuerzos al inventariado, recolección y archivado del patrimonio geológico, paleontológico, botánico y faunístico de Álava, que por aquel entonces no estaba descrito de forma completa. Las actividades se desarrollaban en un local de la Plaza de la Provincia, cedido por la Diputación Foral de Álava. Con el tiempo y la enorme dedicación aplicada fue posible reunir colecciones de Historia Natural tan relevantes, que permitieron en 1986 la inauguración del Museo de Ciencias Naturales de Álava, un hito en lo que se refiere al conocimiento y la difusión científica de la gea, fauna y flora de este territorio. Con la disolución del Consejo de Cultura de Álava en 1988, los naturalistas vinculados al mismo decidieron registrar al Instituto Alavés de la Naturaleza como asociación privada sin ánimo de lucro.
Durante casi una década el Museo y el Instituto compartieron ubicación y complementaron su actividad. El segundo se encargaba de dinamizar las facetas científicas y divulgadoras, generando nuevos fondos, datando y conservando los existentes y valorizándolos mediante la publicación de artículos y libros. Además se constituyó en enlace con la sociedad civil alavesa, a través del marchamo “Amigos del Museo”. No obstante, a partir de 1994 ambas entidades separaron sus caminos, y el Instituto inició una nueva etapa en sus actuales locales del edificio del Seminario Diocesano, cedidos nuevamente por la Diputación Foral de Álava.
Desde entonces el Instituto ha profundizado en su vocación de asociación abierta, incrementando sustancialmente la vertiente divulgadora, el servicio al público y la aportación de voluntariado. No se han descuidado las tareas de investigación científica y monitorización de procesos naturales destinadas a la generación de conocimientos, bien por iniciativa propia, bien participando en estudios y proyectos de alcance amplio. Tampoco se han escatimado los esfuerzos directos para contribuir a la protección de los elementos más valiosos de la biodiversidad alavesa, para el éxito de los cuales ha sido de gran ayuda el crédito científico-técnico con el que siempre ha contado el Instituto. Sin embargo, la impartición de cursillos, talleres, conferencias, exposiciones y visitas técnicas, destinados a fomentar temáticas concretas entre los aficionados a las Ciencias Naturales y estructurados en torno a un programa anual, ha mantenido y mantiene vivo el espíritu didáctico –pero riguroso- que animó a los primeros naturalistas congregados en torno al Instituto.